Untuk menunjang misi dan visi Yayasan Pendidikan Islam PONDOK PESANTREN SEGORO AGUNG secara keseluruhan, khususnya kurikulum yang diterapkan di Pondok Pesantren PONDOK PESANTREN SEGORO AGUNG yaitu dengan tetap mempertahankan system pengajian kitab salafi (kitab kuning) ditambah dengan pelajaran lainnya yang erat kaitannya dengan pembelajaran di pesantren. Berikut kurikulum yang disajikan :
| 1. | Kitab Jurumiyyah (Nahwu) | : | Pelajaran Gramatika Bahasa Arab |
| 2. | Kitab Matan Bina (Shorof) | : | Pelajaran Gramatika Bahasa Arab |
| 3. | Kitab Syafinatunnaja | : | Fiqih – Aqidah |
| 4. | Kitab Fathul Qarib | : | Fiqih |
| 5. | Kitab Hadist Arba’in | : | Ilmu Hadist |
| 6. | Kitab Tijanuddaruri | : | Ilmu Tauhid – Aqidah |
| 7. | Kitab Ta’lim Muta’alim | : | Etika Santri |
| 8. | Kitab Mutamimmah (Nahwu) | : | Pelajaran Gramatika Bahasa Arab |
| 10. | Kitab Tafsir Jalalain | : | Ilmu Tafsir |
| 11. | Tajwid dan Makhrajal Huruf | : | Ilmu Qur’an |
| 12. | Bahasa Arab | : | – |